完成二周目后，玩家需要前往大木博士研究所将图鉴升级为386版，这是触发三周目剧情的前提条件。升级图鉴后，前往枯叶市港口乘坐船只前往七岛地区，系统会自动开启三周目内容。游戏会保留二周目的所有进度和道具，但部分剧情和地图会重新刷新，玩家可以开始探索新增的岛屿区域和隐藏要素。
在三周目初始阶段，玩家需要优先前往一号岛的火焰山区域。进入山洞后击败两名火箭队成员，使用怪力技能推动岩石获取红宝石。将红宝石带回给大木博士可换取永久船票，这是后续岛屿探索的关键道具。三周目的岛屿区域存在特殊地形机制，如四号岛的冰洞需要使用石头改变滑行方向，五号岛的迷宫需要收集特定道具才能触发后续剧情。
完成基础岛屿探索后，玩家需在六号岛南部的遗迹使用居合斩开启石门。此处需要解决石板谜题并击败守卫的火箭队成员，最终获得蓝宝石。将蓝宝石交给博士可修复通信机器，解锁更多功能。七号岛南部的古代遗迹会出现特殊精灵安侬，而八号岛洞穴深处可捕捉传说精灵凤凰和洛奇亚，这些内容均为三周目专属要素。
三周目的最终阶段需要前往九号岛解谜三角形机关。当机关变为红色时，岛屿会产生震动并出现30级左右的迪奥西斯。返回华蓝市左侧洞穴可捕捉超梦，完成全部三周目核心内容。整个过程中，玩家应注意随时保存进度，部分剧情需要按特定顺序触发，错误操作可能导致关键道具无法获取。三周目相比前两周目更注重解谜要素和隐藏精灵收集，建议提前准备多种秘传机技能以应对复杂地形。
