影之刃3作为系列续作，在剧情设定上与前作保持了相当程度的连贯性。游戏延续了影境武林的世界观，聚焦于组织这一核心势力的兴衰历程。故事时间线从上古机关术的兴盛开始，详细描绘了组织创始人沐天邈及其追随者的行动轨迹，包括对暗魔天堡的进攻、龙氏家族的没落等关键事件。这些内容与前作中关于组织起源的设定形成了明确呼应，构建出一个更具历史纵深的江湖格局。
剧情中出现的核心人物如魂、左殇、沐小葵等角色均在前作中有过重要戏份，他们的身份背景和人物关系得到了延续性发展。例如魂与左殇被沐天邈收为义子的情节，就直接关联到前作中两位主角的成长经历。游戏还保留了前作标志性的杀气改造设定，这种将机关术与人体改造相结合的邪恶技术，在剧情中继续作为推动矛盾冲突的关键要素。蜃楼组织的活动轨迹也与前作设定保持一致，十一人阁与黄金剑客的权力斗争延续了系列一贯的阴谋叙事风格。
影之刃3采用了多线并进的叙述方式，通过卷宗系统将主线剧情分割为多个章节。这些章节既包含全新的故事内容，也穿插着对前作事件的补充说明。例如关于谢园医馆的支线剧情，就详细交代了前作中怪面事件的后续影响。游戏通过这种碎片化叙事，既保持了新鲜感，又确保了与前作剧情的逻辑衔接。某些关键场景如佛塔、黑林等地的设计，都能让老玩家感受到系列一脉相承的美学风格。
虽然剧情整体上与前作保持连贯，但影之刃3也尝试在某些方面做出调整。新加入的弦者角色虽然在前作中已有登场，但本作赋予了她更独立的故事线。部分剧情转折如银月从盟友变为对手的身份转变，虽然存在铺垫，但仍体现出创作团队在延续主线基础上寻求突破的意图。这种处理方式既照顾了老玩家的情怀需求，也为新玩家提供了相对独立的剧情体验。
从叙事深度来看，影之刃3延续了系列对人性阴暗面的探讨主题。剧情中关于扭曲情感引发的悲剧、权力欲望导致的异化等命题，都与前作的精神内核一脉相承。游戏通过大量支线任务，构建出比前作更为丰富的江湖众生相。这些支线虽然独立成篇，但都在不同程度上呼应着主线关于杀气改造的核心冲突，形成了一张紧密关联的叙事网络。这种处理既增强了世界观的真实感，也强化了系列剧情的整体性。
